ويقول "ابن الطقطقي": كان من أفاضل الخلفاء، يفاوض العلماء، وكان يرى رأي الإمامية1.
وحين كتب إليه ابن صلاح الدين نور الدين علي – ويقال إنه كان يتظاهر بالتشيع - شكاية عن أخيه العزيز وعمه العادل قال فيها:
مولاي إن أبا بكر وصاحبه ... عثمان قد غصبا بالسيف حق علي
ذي سنة بين الأنام قديمة ... أبدا أبو بكر يجور على علي
أجابه الناصر:
غصبوا علياَ حقه إذ لم يكن ... بعد النبي له بيثرب ناصر
فابشر فإن غدا عليه حسابهم ... واصبر فناصرك الإمام الناصر2
قال ابن كثير: وكان الناصر شيعيا مثله3، كما ذكر الصفدي أن التشيع ظهر في خلافة الناصر بسبب ابن الصاحب ثم انطفى بهلاكه وظهر التسنن المفرط، ثم زال وظهر الفتوة والبندق والحمام الهادي