على طائفة الإسماعيلية, وبدأ بالقضاء على من دخل بلاده من دعاة العبيديين الذين أرسلتهم الخلافة العبيدية في مصر, فقتلهم كلهم وكتب إلى سائر البلاد بقتل من فيها, وسلمت تلك البلاد منهم (?) بقتل الباطنية, فقام أهل أصبهان بقتل من عندهم يقودهم في ذلك الفقيه الشافعي السني مسعود بن محمد الخجندي.

وفي سنة 500هـ قتل السلطان محمد بن ملكشاه السلجوقي مقتلة عظيمة منهم, وأجلاهم عن قلعة أصبهان بعد حصارها وبعد مخادعة ومخاتلة منهم, وقتل صاحبها ابن غطاش (?).

وفي سنة 523هـ حاول الإسماعيلية تسليم دمشق للصليبيين مقابل أن يسلمهم الصليبيون مدينة صور واكتشف أمير دمشق هذه المؤامرة الشنيعة «بوري بن طغتكين» , فقتل متولي الإسماعيلية المزوقاني ونادى في البلد بقتل الباطنية؛ فقتل منهم ستة آلاف وكان ذلك في شهر رمضان (?).

وفي حوادث سنة 511هـ قال ابن الأثير: علم السلطان محمد «السلجوقي» أن مصالح العباد والبلاد منوطة بمحو آثارهم وإخراب ديارهم وملك حصونهم وقلاعهم, وكان في أيامه المقدم عليهم والقيم بأمرهم الحسن بن الصباح الرازي صاحب قلعة «ألموت» وكانت أيامه قد طالت, فقد ملك القلعة ما يقارب ستًّا وعشرين سنة, وكان المجاورون له في أقبح صورة من كثرة غزاته لهم وقتله رجالهم, فسير السلطان له العساكر بقيادة أنوشتكين, فملك عدة قلاع منهم, ثم سار إلى قلعة «ألموت» وحاصرهم أشهرًا وهم يراوغون لأخذ الأمان وترك القلعة, واستمر هذا القائد في حصارهم, ثم جاء الخبر بوفاة السلطان محمد فتفرق عنه العساكر ولم تفتح القلعة (?). وفي عهد السلطان سنجر (521هـ) أوقع بالباطنية في «قلعة ألموت» وقتل منهم خلقًا كثيرًا.