وفي سنة 552 كانت زلزلة عظيمة أسقطت كثيراً مما كان قد بقي من فصوص الفسيفساء.

وفي سنة 597 كانت أشد زلزلة على الأموي، إذ أسقطت قسماً من المنارة الشرقية وتشقّقت منها قبة النسر، وقيل إنها سقطت بعد ذلك على الناس.

وزلزال سنة 702 الذي تشققت منه بعض جدران الجامع.

وزلزال سنة 1173 الذي سقطت منه قبة عائشة، وتخرّب بعض المسجد.

إصلاحات في الأموي:

أما الإصلاحات الكبرى فيه فمنها:

أنها جُدّدت عمارة الحائط الشمالي سنة 503، أيام المستظهر العباسي بأمر الوالي طغتكين.

وسنة 827 نُزع الرخام عن الجدار القبلي من الجهة الغربية، فوُجد في خلل، فحضر تنكز نفسه ومعه القضاة والخبراء وتقرر هدمه وإصلاحه واستأذن السلطان فأذن له، فعمره واستنفر له الناس، فتطوّعوا للعمل، وأخذوا له حجارة وجدوها في أصل المنارة الغربية المزالة عند الغزالية، فتمت العمارة في أقل من ستة أشهر. وفي سنة 729 كمل ترميم الحائط القبلي.

وفي سنة 730 رمم الجانب الشرقي حتى صار كالغربي.

القبة:

قبة النسر جُدّدت سنة 475 وسُقفت المقصورة والطاقات والأركان الأربعة في عهد نظام الملك وزير ملكشاه السلجوقي.