وبقي المسجد مخرباً أربع عشرة سنة حتى جُدّدت عمارة السقف والقبة أيام ملكشاه السلجوقي على يد الوزير نظام الملك (مؤسس المدرسة النظامية). أما الصحن فبقي تراباً وطيناً، حتى بلط أيام الملك العادل بعد الستمئة. كما مرّ في الكلام على بلاط الجامع.

وفي سنة 562 كان حريق حي اللبادين (النوفرة) فسَرَتْ النار إلى الأموي، فأحرقت قسماً منه من جهة باب جيرون.

وفي سنة 570 أصابه حريق جزئي آخر، حين احترقت مدرسة الكلاسة وامتدت النار إلى مئذنة العروس فاحترقت.

وفي سنة 646 احترقت سلالم المنارة الشرقية والبيوت التي في أسفلها وتضعضعت.

وفي سنة 681 كان حريق جزئي آخر، إذ احترق سوق اللبادين وسوق جيرون فامتدت النار إلى حيطان الجامع ووصلت إلى قسم من السقف.

وفي سنة 740 كان الحريق الكبير في دمشق، فأكلت النار أسواقاً برمّتها وكانت خسائر فادحة في الأموال، ووصلت النار إلى الجامع فاحترقت المئذنة الشرقية وقسم من الجانب الشرقي.

وأصابه حريقان جزئيان سنة 1064 وسنة 1131.

وكان الحريق الثاني الذي شمل المسجد كله هو الحريق الأخير سنة 1311 وسيأتي حديثه.

أما الزلازل التي تتابعت على المسجد فمنها:

زلزال سنة 131 الذي انشق منه سقف المسجد على طوله.

وفي سنة 233 كان زلزال شديد أسقط المنارة فانهالت حجارتها على المسجد وخرّبت رُبُعَه، وتراكمت فيه كأنها جبل.