التي كتبها المؤلف، وهذا خطأ، وخاصة إذا كان الناسخ قريب عهد بالمؤلف، لابد أن يحذر المحقق هذا، وبإمكانه التحقق من ذلك من خلال: الخط، التاريخ، نوع الورق، ولابد أن يبذل جهدا مضنيا في التفريق بين هذه النسخة وتلك.
ويمكن للمحقق بعد أن يحصل على نسخ المخطوطة ويفحصها فحصا جيدا، أن يصنفها في مجموعات تبين علاقة إحداهما بالأخرى، من حيث الابتعاد والقرب وعندئذ يمكنه تحديد النسخ الأصول والفروع. نضرب مثلا: لو عندنا مخطوط نسخ من الأصل ثلاث نسخ ألف باء جيم، ثم نسخ من هذه النسخ الثلاث مجموعة من النسخ، ثم ضاع الأصل أو فقد، فإن النسخ ألف وباء وجيم تعد أصولًا أو أمهات، وما عدا هذه الأصول، فهي نسخ ثانوية منقولة عن هذه الأمهات، ويعد من النسخ الثانوية كذلك الشروح المتضمنة للمتون، وكذلك الا قتباسات.
ولا يظن المحقق أنه ينبغي إهمال النسخ غير الموثقة أو النسخ الثانوية، فقد لا توجد سوى نسخة واحدة متأخرة ثانوية مليئة بالأخطاء، وفقد الأصل فلو أهملناها لضاع الكتاب كله، لابد من نشرها، ولابد من الاجتهاد في تصحيحها ما أمكن، وإن ظهرت نسخ أخرى بعد نشرها يعيد المحقق تحقيقها مرة ثانية، وقد حدث هذا بالفعل عندما قام المستشرق "جاير" بنشر ديوان الأعشى، واعتمد على نسخة مخطوطة منسوبة إلى ثعلب تحمل سبعا وسبعين قصيدة ومقطوعة، ثم أضاف إليها خمس قصائد وجدها في مخطوطات أخرى مجهولة النسب وخرج الديوان، وبين سطوره بياض وفي أبياته تحريفات وتصحيفات مختلفة، ثم نشر الديوان في القاهرة بعد ذلك، واعتمد ناشره على نسخة "جاير" دون الرجوع إلى نسخة مخطوطة جديدة، وطبعا وقع في نفس الأخطاء التي وقع فيها "جاير"، ثم