ثم ولي الخلافة بعده الإمام علي بن أبي طالب - رضي الله تعالى عنه وكرّم وجهه - باب مدينة علم رسول الله صلّى الله عليه وسلم زوج البتول، وابن عمّ الرسول، حكمه وأحكامه وخطبه وغرائب علومه، معقولا ومنقولا أمر خارق للعادة، خارج عن طوق البشر، لولا اكرام الله له بهذه الكرامة العظيمة والمنقبة الجسيمة حتى افتتن به الشيعة الرّافضة، ونقل الخلافة إلى الكوفة لعظم العساكر والجنود، ولم تكن في أيّامه فتوح بل كان اشتغاله بقتال الخوارج والبغاة. قتله عبد الرحمان بن ملجم في رمضان سنة أربعين (?)، وقد نيف عن الستين (?).
وقصة قتله مبسوطة في السير حاصلها أنه - رضي الله تعالى عنه - لما أباد الخوارج ففي سنة أربعين إلاّ واحدا (?) اجتمع بمكة ثلاثة من بقاياهم، وتعاهدوا على احتساب انفسهم في إراحة الناس من علي ومعاوية وعمرو بن العاص - رضي الله تعالى عنهم - وكان تواعدهم ليلة سبع وعشرين من رمضان، فانطلق أحدهم (?) إلى معاوية ولقبه «البرك» فطعنه بخنجر وهو يصلي، فأصاب إليته فسلمه الله منه، وانطلق الثاني ويعرف بزادوية (?) فقتل قاضي مصر وهو خارجة (?) لشبهه بعمرو، فظنه إياه، وانطلق الأشقى عبد الرحمان بن ملجم فأخذ على علي بعض / زوايا المسجد، فكمن به فلما خرج علي ضربه ابن ملجم بالسيف على رأسه فقبض عليه واحتمل علي إلى منزله فتوفي في السابع عشر (?) من رمضان من السنة المذكورة.