انضم إلى علماء الأزهر، وعيّن سنة 1932 مدرساً للفقه (علم السياسة الشرعية) في كلية أصول الدين، ثم أستاذاً في قسم التخصص.

عيّن في أكتوبر 1933 عضواً في مجمع اللغة العربية الذي أُنشئ في القاهرة في ديسمبر 1932.

أحيل على المعاش سنة 1950.

اختير، سنة (1370/ 1950) عضواً في هيئة كبار العلماء بالأزهر، بعد أن قدّم رسالته العلمية "القياس في اللغة العربية"، وهي في الأصل بحث وضعه بدمشق في أثناء فترة إقامته وتدريسه بها، ثم نقحه وطبعه بالقاهرة (1353/ 1934)، ثم جَدَّده وتقّدم به إلى الهيئة، فقُبل بالإجماع.

تسلّم رئاسة تحرير مجلة "لواء الإسلام" التي أصدرها سنة 1945 الشيخ أحمد حمزة، وتركها لما تولى مشيخة الأزهر، ولكن واصل الكتابة فيها حتى وفاته.

وفي فيفري 1944 (1 ربيع الأول 1364) أسس الشيخ محمد الخضر حسين، مع جمع من المغاربة (جبهة الدفاع عن إفريقيا الشمالية)، وتولى رئاستها، ينوبه الأمير مختار الجزائري، والدكتور محمد عبد السلام العيادي، والشيخ السعدي عمار، واختير الشيخ الفُضيل الورتلاني سكرتيراً لها. وقد انضم إليها عدد من المناضلين المغاربة اللاجئين إلى مصر من الحزب الحرّ الدستوري التونسي الجديد، وحزب الشعب الجزائري، وجمعية العلماء المسلمين الجزائريين، ومن هؤلاء: الحبيب بورقيبة (1945)، ومحمد محيي الدين القليبي عند زيارته الأولى لمصر. وقد انسلخ بورقيبة عنها بعد ذلك. وقامت الجبهة بنشاط دعائي طيِّب لقضايا الأقطار المغربية. وقد أُسندت