رئاستها الشرفية إلى الأمير محمد عبد الكريم الخطّابي، عند التجائه إلى مصر.

أُجريت على الشيخ محمد الخضر سنة 1365 عمليةٌ جراحية - في أعلى القفا بمستشفى الروضة في القاهرة.

عُين شيخاً للجامع الأزهر في 16 ديسمبر 1652.

استقال في (2 جمادى الأولى 1373 - 8 جانفي 1954) متعللاً بمرضه وحاجته إلى العلاج والاستجمام.

توفي ظهر الأحد (12 رجب 1377 - 2 فيفري 1958)، ودفن في مقبرة آل تيمور بالقاهرة، إلى جانب صديقه أحمد تيمور باشا.

إخوته الشيوخ: محمد الجُنيدي، ومحمد العروسي، ومحمد المكي (الذي عاد، بعد سنوات، من دمشق إلى تونس، وتوفي بها سنة 1963)، وزين العابدين الذي بقي مستقراً في دمشق.

تزوج تونسية بقيت في تونس هي وابنته الوحيدة منها لما هاجر سنة 1912، ثم تزوجت غيره، ثم تزوج سورية، فمصرية (1920)، هي زينب رحيم، وقيل: من عائلة النجمة القاطنة بمنطقة الهرم، وتوفيت بالقاهرة سنة (1372/ 1953)، ثم رابعة قريبة لها صغيرة السنّ.

بدأ محاولة نظم الشعر وهو تلميذ في الزيتونة، عمره اثنتا عشرة سنة. وصادق منذ تلمذته بالزيتونة الشيخ محمد الطاهر بن عاشور الذي كان يزوره -بعد ذلك- في مصر. وفي مصر صادق أحمد تيمور باشا. وكان الطيب بن عيسى، صاحب جريدة "الوزير" التونسية من تلامذته بالزيتونة، وقد ظل يتابع أخباره في مهاجره، وينوّه بعلو مكانته في المشرق.

وفي سنة 1947 أسس بعض تلامذة الزيتونة أصيلي الجريد جمعية