حين افتدى أهل المدينة أنفسهم من الغز وفانو خسرو، الديلمى، الذى استولى على الرى عام 428 هـ وأشبع أهلها تقتيلا، وذلك لقاء مبلغ سبعة آلاف دينار.

ورغم قرب قزوين من قلعة الموت الاسماعيلية فإن السلاجقة لم يهتموا بأن يوكلوها لأمير أو ملك قوى. وبعد استقرار الاسماعيليين فى قلعة الموت بوقت قصير، أقنع أبو محسن الروينى أهل قزوين بإصدار مرسوم بإعدام كل من يأتى من اتجاه المدينة المذكورة، خشية أن يؤدى الاختلاط بأصحاب المذهب الاسماعيلى إلى إنتشار القلاقل بينهم. وقد استطاع الاسماعيلية أن يقيموا تحصينات قوية فى مرتفعات رودبار أيضًا، ومنها أزعجوا أهل المدينة، كما حدث عام 523 هـ/ 1129 م حين قتلوا منها 400 نفس انتقاما لمقتل مبعوثهم إلى مدينة أصفهان. وظلت المناوشات بين الجانبين، حتى إن الاسماعيلية استطاعوا إقامة قلعة خارج قزوين، ومنها تمكنوا من ضرب الحصار عليها.

وفى أواخر عهد السلاجقة، تنقلت المدينة بين أكثر من حاكم، منهم طغرل ابن محمد المعين من قبل سنجار. وتحت حكم شاهات خوارزم تجدد هجوم أهل قزوين على الاسماعيلية. وحين انتقلت رئاسة الاسماعيلية إلى جلال الدين حسن عام 607 هـ/ 1210 م أعلن تخليه عن عقائد الاسماعيلية وتسمى باسم جلال الدين ناو - مسلمان، ولكن أهل قزوين لم يثقوا به لمعرفتهم بما يمارسه الاسماعيلية من حيل. وكسبا لثقتهم وصل الأمر أن يطلب منهم إرسال شهود من قبلهم ليشاهدوه وهو يحرق أعمال الاسماعيلية فى قلعة الموت.

وخلال الصراع بين شاهات خوارزم والمغول تبدل امتلاك المدينة إلى أن انتهى الأمر بهزيمة شاهات خوارزم. وتذكر الروايات مذبحة ارتكبها المغول فى المدينة عام 617 هـ/ 1220 م. وقد عين مانجو قاءان فى 651 هـ/ 1253 م - 1245 م افتخار الدين البخارى حاكما لها وظل فى الحكم هو وأخوه حتى 677 هـ/ 1278 - 1279 م.