وفى الاضطرابات التى تلت حكم غازان خان (694 - 703 هـ/ 1295 - 1304 م) عانت قزوين كغيرها من أنحاء الامبراطورية الإلخانيّة فهجر المدينة خلق كثيرون لدرجة أنه يقال أن الجمعة لم تكن تقام.

وفى نهاية حكم أولجايوتو (703 - 716 هـ/ 1304 - 1316 م) انتقل حكم قزوين لحسام الدين أمير عمر الشيرازى والحاج فخر الدين أحمد المستوفى وقد خصص أبو سعيد بهادر فى بداية حكمه (716 - 736 هـ/ 1316 - 1335 م) قزوين لتدبير نفقات (إخراجات) لإنشاء عقارات أمه، وفقا لما ورد فى تاريخ غزنة، وقد كان تدفق القبائل التركية إلى قزوين فى عهد المغول أكثر منه فى عهد السلاجقة على أنه فى عصر كتابة المستوفى لتأريخه كانت هناك قبائل ذات أصول عربية غاية فى الثراء. وبعد انتهاء الامبراطورية الإلخانية دخلت قزوين التى كانت قد فقدت قيمتها كمدينة مواجهة منذ أمد، فترة خاملة من تاريخها، حتى عهد الصفويين. فما إن تولى إسماعيل الصفوى الحكم (907 - 30 هـ/ 1502 م -24 م) والذى كان يواجه مشكلة الدفاع عن حدوده ضد كل من العثمانيين والأوزبك، حتى احتلت المدينة أهمية جديدة. وحين فقدت تبريز فى عهد طهماسب (930 - 84 هـ/ 1524 - 76 م)، جعلت قزوين عاصمة عام 962 هـ/ 1555 م لحيوية موقعها بين أذربيجان وخراسان، وأصبح اسمها دار السلطنة، وظل الوضع قائما حتى بنى الشاه عباس عاصمة فى أصفهان. ورغم ذلك فلم تكن تعتبر محافظة مستقلة، ولكنها كانت تحكم بواسطة وزير ومستوفى يعين من الحكومة المركزية. وقرب نهاية عهد الشاه سلطان حسين جُعلت محافظة عين حاكما لها أحد مماليك السلطان يدعى طهماسب خان.

وفى عهد الصفويين انقسمت المدينة كالعديد من المدن وقتها بين فئتين متنازعتين، الحيادرى والنعماتى، قد دارت بين الفريقين الكثير من المذابح.

وكانت قزوين على عهد المغول وقبل ذلك صعقلا للسنّة، ورغم قربها من