وأقام الخليفة واليا عليه الأمير شرحبيل، وبدأ هذا الأمير يوزع البيوت فاحتل المسلمون الأحياء والمساكن التى هجرها النصارى. وفى وقعة صفين سنة 37 هـ (657 م) انضم أهل حمص إلى على، وظل المذهب الشيعى مدة طويلة هو المذهب السائد فى هذه المنطقة.

وفى سنة 41 هـ (661 م) أى فى عهد يزيد بن معاوية انتقص من جند حمص إقليمه الشمالى لإقامة جند جديد دخلت فيه قنسرين وحلب ومنبج، إذ أصبحت هذه المدائن مراكزه الرئيسية. والظاهر أن الحدود بين الجندين كانت خطًا يمر ببانياس، وطرطوس وجسر الشُغُر ومعرة النعمان، وأفامية، وشيزر، وحماة، ورستان، وسلمية، وقريتين، وتدمر.

ويقال إنه لما مات يزيد آل جند حمص إلى النعمان بن بشير المتوفى سنة 65 هـ (684 م)، على أن كثيرًا من الكتاب يقولون إنها كانت من نصيب ابنه خالد بن يزيد الذى كان قد بنى قصرًا فى حمص. وبموت يزيد الثالث حدث أن تدخل مروان الثانى فى شئون الشام بتأييد من القيسية، وهاجم سليمان بن هشام الذى كانت تؤيده الكلبية. وهزم سليمان سنة 127 هـ (754 م) وفر إلى حمص ومنها إلى الكوفة. وثبتت حمص مدة لمروان الثانى، وانتهى الأمر باستيلائه على هذه المدينة. وأراد مروان هذا أن يحول دون استخدام حمص، التى كان جندها يبلغ عشرين ألفا من اليمنيين، قاعدة عسكرية للكلبية فهدم أسوارها. وفى سنة 128 هـ (746) استعيد الأمن فى حمص.

وفى سنة 132 هـ (750 م) ظهر فى الشام عبد الله بن على العباسى الذى قدر له أن يطيح بآخر الخلفاء الأمويين مروان الثانى. ومن وقتها خضع الشام لسيطرة العراق. وفى سنة 137 هـ (745 م) ولى الخليفة العباسى أمر حلب وقنسرين وحمص صالحًا بن على ابن عبد الله بن العباس، وكان عمر العباسيين عصرًا مظلمًا فى تاريخ