بالأزهر، ومن العلماء الذين لقيهم وأخذ عنهم وأجازوه: السيَّد عبد الله بن إدريس السنوسي، عالم المغرب ومحدَّثه، والشيخ محمد بن الأمين الشنقيطي، والشيخ أحمد بن الشمس الشنقيطي، عالم القبائل الملثمة، والشيخ شاكر العراقي، والشيخ طاهر الجزائري، والسيَّد محمد رشيد رضا، صاحب «المنار» وغيرهم من علماء السُّنَّة. وكان لهؤلاء أثر كبير في نشأته التي أدَّته إلى أن يستقل بمذهب في علم الحديث. يقول عنه أخوه الصغير الشيخ محمود محمد شاكر: «إمام من أئمة علم الحديث في هذا القرن، وهو أحد الأفذاذ القلائل الذين درسوا الحديث النبوي في زماننا دراسة وافية قائمة على الأصول التي اشتهر بها أئمة هذا العلم في القرون الأولى، وكان له اجتهاد عرف به في جرح الرجال وتعديلهم، أفضى به إلى مخالفة القدماء والمحدَّثين، ونصر رأيه بالأدلة البيَّنة، فصار له مذهب معروف بين المشتغلين بهذا العلم، على قلَّتهم. وقد تولى القضاء في مصر أكثر من ثلاثين سنة، فكانت له أحكام مشهورة في القضاء الشرعي، قضى فيها باجتهاده، غير مقلد ولا متبع، وكان اجتهاده في الأحكام مبنيًّا على سعة معرفته بالسنَّة التي اشتغل بدراستها منذ نشأته إلى أن لقي ربه».

وكان في دراسته وتعليقاته على النصوص يدافع عن أحكام الإسلام وآدابه دفاعاً تفرَّد به، ونطق بالحق الذي يراه غير متهيب ولا متلجلج، بحيث أعلن رجوعه عن بعض آرائه القديمة، وعلى سبيل المثال: أنَّ الشيخ محمد مصطفى المراغي شيخ الأزهر، كان يرى أن يكون الحساب الفلكي بديلًا عن الرؤية الشخصية في إثبات أوائل الشهور العربية، فنهض لمخالفته والد الأستاذ أحمد شاكر، وهو محمد شاكر، من كبار العلماء لعهده، وكان الشيخ أحمد ممن يعتقد بدءاً بصحَّة فتوى والده، فكتب مقالات تؤيَّد منحاه عن ثقة جازمة، ثم بدا له بعد التحقيق بصحَّة فتوى والده، فكتب مقالات تؤيَّد منحاه عن ثقة جازمة، ثم بدا له بعد التحقيق والتريُّث ما يخالف وجهه نظره ونظر والده، فخرج على الناس برسالة كتبها في حياة أبيه يعلن فيها انتصاره لرأي الإمام المراغي. (انظر: البيومي، 4/ 126 - 127).

أعماله العلمية:

وقد اشتغل الشيخ أحمد محمد شاكر بنشر نصوص التراث الإسلامي بدراسة