وتزخر الخزانة الملكية بنوادر المخطوطات، ومن أنفس ما تضمه هذه الخزانة نص نادر لأبي العلاء المعري، لا يعرف في مكتبة أخرى من مكتبات العالم إلى يومنا هذا، ذلك هو كتاب «الصاهل والشاحج» يتكلم فيه أبو العلاء على لسان فرس وبغل. وقد كان لظهور هذا الكتاب دوي هائل في الأوسط الأدبية، وقد كتبت عنه الأستاذة الدكتورة عائشة عبد الرحمن (بنت الشاطئ) أكثر من مرة بجريدة الأهرام.

ونسخة هذا الكتاب مخطوطة سنة 638 هـ، بقلم أندلسي، وفي الخزانة نسخة أخرى من خطوط القرن العاشر تقديراً، وهي منقولة عن نسخة مكتوبة سنة 693 هـ.

وإلى جانب هذا الكتاب النادر، توجد مخطوطات أخرى نفيسة في الخزانة الملكية، منها:

إصلاح المنطق - لابن السكيت، بقلم أندلسي نفيس سنة 591 هـ.

الأصول في الهندسة - لإقليدس، بقلم أندلسي نفيس سنة 683 هـ.

البارع في أحكام النجوم - لابن أبي الرجال، الجزء الأول بقلم أندلسي نفيس سنة 706 هـ، والجزء الثاني من نسخة أخرى بقلم أندلسي نفيس سنة 361 هـ.

بغية الآمل في ترتيب «الكامل» للمبرد، لمؤلف مجهول. والكتاب مرتب على الفنون، ومقسم على أربعين باباً. والنسخة بقلم مغربي سنة 1283 هـ، منقولة عن نسخة مكتوبة سنة 646 هـ.

تاريخ علماء الأندلس - للخشني، بقلم أندلسي عتيق سنة 483 هـ.

تاريخ مكة - للأزرقي، بقلم نسخي قديم من خطوط القرن السادس تقديراً.

تخريج الدلالات السمعية على ما كان في عهد رسول الله صلى الله عليه وسلم - للخزاعي.

بقلم أندلسي جيد سنة 876 هـ. وهذا الكتاب هو الأصل الذي بنى عليه العلامة عبد الحي الكتاني السابق ذكره، كتابه العظيم المسمَّى: التراتيب الإدارية والعمالات والصناعات والمتاجر والحالة العلمية التي كانت على عهد تأسيس المدنية الإسلامية في المدينة المنورة العلية. وهو مطبوع في الرباط سنة 1346 هـ.