بالرياض يجمع طلبة العلم، وتنتظم به دراستهم، فوافق عليه الملك، وتم الافتتاح عام 1370 هـ لمعهد الرياض العلمي الذي كان بداية للمعاهد العلمية التي شملت مدن المملكة فيما بعد، فكان هو الرئيس والمشرف على الدراسة والمناهج التعليمية، واختيار المدرسين، وكان يتخول المعاهد بزياراته، ويتناقش مع الطلبة في فصولهم ليتعرف على مستواهم، كما كان يحضر النادي بالمعهد ليلة الجمعة، ويعلق على ما يدور فيه، وكان حريصا على معرفة مستوى المدرسين مع طلابهم (?).

وفي عام 1373 هـ أنشئت كلية الشريعة بالرياض، وفي عام 1374 هـ أنشئت كلية اللغة العربية بالرياض، كما تحصل الشيخ محمد في عام 1374 هـ على أمر ملكي يخوله افتتاح فروع لمعهد الرياض، فأمر سماحته بافتتاح ستة معاهد في كل من بريدة، وشقراء، والأحساء، والمجمعة، ومكة، وسامطة (?).

وفي عام 1373 هـ تم إنشاء دار الإفتاء والإشراف على الشئون الدينية: المساجد ودور الأيتام والإفتاء، وغير ذلك.

وقد تعين في عام 1376 هـ ابنه معالي الشيخ إبراهيم بعد تخرجه من كلية الشريعة بنفس العام نائبا له في إدارة الإفتاء والإشراف على الشئون الدينية (?).