وكان هو المرجع للقضاة: تعيينا وعزلا، وتأديبا وتمييز أحكام منذ عام 1376 هـ، حيث تم إيجاد رئاسة القضاة في المملكة، فكان هو الرئيس في المنطقة الوسطى والشرقية، حتى عام 1378 هـ، حيث أسندت إليه مهمة رئاسة القضاة في المملكة، بعد وفاة الشيخ عبد الله بن حسن آل الشيخ، الذي كان يشرف على قضاة الحجاز، والمنطقة الغربية، فأخذ الشيخ منذ ذلك التاريخ لقب: المفتي ورئيس القضاة في المملكة العربية السعودية.

ولرغبته رحمه الله في التخفف من الأعمال الإدارية، فقد أسند رئاسة القضاة إلى نجله الأكبر الشيخ عبد العزيز بن محمد بن إبراهيم (?).

وقد اقتنع سماحته في عام 1379 هـ بأهمية تعليم المرأة، فقدم مشروعا وافق عليه الملك سعود - رحمهما الله - بافتتاح مدارس البنات في مدن المملكة في عام 1380 هـ، وصدر بذلك مرسوم ملكي، أسند فيه الإشراف لسماحته، فاختار فضيلة الشيخ عبد العزيز بن ناصر بن رشيد؛ ليكون رئيسا مباشرا لتعليم البنات، ومرجعه هو الشيخ محمد - رحمهما الله -.