رجاحة عقله وحكمته، وعندما توفي عام 1339 هـ أسند الملك عبد العزيز أعماله إلى الشيخ محمد بن إبراهيم: من إمامة مسجده في حي دخنة، والخطابة وصلاة الجمعة في الجامع الكبير، جامع الإمام تركي بن عبد الله، والتدريس في مكانه، الذي استمر فيه إلى قبيل وفاته، حيث تفرغ للأعمال الكبيرة المناطة به.

وفي عام 1374 هـ أنشئت دار الإفتاء والإشراف على الشئون الدينية، ورئاسة المعاهد، فأسندت رئاسة هذه الأمور إليه، ويرى الشيخ إسماعيل بن عتيق أن الافتتاح عام 1373 هـ حيث كان يدعى الشيخ محمد بالمفتي، وقد كتب على أوراق مراسلته المفتي الأكبر، فنهى رحمه الله عن ذلك، ورفض تلقيبه بهذا اللقب، حيث كان ملفتا للنظر، وأمر بإلغاء اللقب والإبقاء على كلمة المفتي (?).

وفي عام 1376 هـ توفي الشيخ عبد الله بن حسن آل الشيخ - رحمه الله - رئيس القضاة بالحجاز، والمنطقة الغربية، فضمت إلى سماحة الشيخ محمد بن إبراهيم - رحمه الله - فكان رئيس القضاة في المملكة العربية السعودية (?).

ولحبه للعلم، واهتمامه بالعلماء، حيث أدرك بحصافة رأيه، وبعد نظره حاجة البلاد والعباد إلى العلم، فقد قدم اقتراحا للملك عبد العزيز - رحمهما الله - يتضمن فكرة إنشاء معهد علمي