عاد المسلمون بعد هذه المنازلة إلى بخارى وطلب إليهم خوارزم شاه التحصن بها وحمايتها ريثما يعد العدة للتتر من خوارزم وخرسان، ولكن هؤلاء التتر عاجلوا المسلمين بالتوجه إلى بخارى وحين وصلوها حاصروها واقتتلوا مع حاميتها قتالا شديدا على مدى ثلاثة أيام فر على أثرها العسكر الخوارزمي إلى خراسان حين أحسوا أنه لا طاقة لهم بهؤلاء التتر. واشتد الأمر على أهل بخارى حين أصبحوا وقد ترك العسكر الخوارزميون مواقعهم فارين إلى خراسان، ولم يكن أمام أهل البلد إلا أن يطلبوا الأمان، فأعطوا الأمان بواسطة أحد القضاة بدر الدين قاضي خان. وعلى إثر ذلك فتحت أبواب المدينة في الرابع من ذي الحجة عام ست عشرة وستمائة، فدخل التتر الكفار