وانقسمت الحكومة السويسرية الجديدة إلى يعاقبة (وطنيين) ومعتدلين، وفيدراليين· وقد تعاركوا وحبك كل منهم انقلابا، ولما خشوا مغبة الفوضى والحرب الداخلية طلبوا من نابليون (كان في منصب القنصل الأول في هذا الحين) أن يعطيهم دستورا جديدا· وفي سنة 1801 أرسل لهم دستورا Constitution of Malmaison كان رغم ما به من قصور أفضل دستور كانت تأمل فيه سويسرا رغم أنه - أي هذا الدستور - احتفظ بسويسرا تحت الوصاية الفرنسية· وبعد مزيد من المعارك الداخلية أطاح الفيدراليون بالحكومة الجمهورية ونظموا جيشا جديدا واقترحوا تجديد حكم الأوليجاركية (حكم الأقلية) فتدخل نابليون وأرسل جيشا من ثلاثين ألف مقاتل لإعادة السيطرة الفرنسية على سويسرا·

وطلبت الفرق المتنازعة من نابليون مرة أخرى أن يتوسط بينها· فصاغ مرسوم الوساطة الذي قبلته كل الفرق الكبيرة المتنازعة· لقد أنهى هذا المرسوم الجمهورية السويسرية (الهيلفتية) وأقام الفيدرالية السويسرية التي تشبه في خطوطها الأساسية ما عليه سويسرا الآن فيما عدا التزام سويسرا بالاستمرار في تقديم عدد من بنيها كل سنة للجيش الفرنسي· ورغم هذا العبء فقد كان مرسوم الوساطة هذا دستورا جيدا وأطلقت الكانتونات السويسرية على نابليون (معيد الحرية) ·