تقوم بعض البنوك الإسلامية بإخراج زكاة أسهمها ودفعها إلى مستحقيها من الأصناف الثمانية بموجب النظام الأساسي للمصرف أو بناء على تفويض أصحاب الأسهم إدارة المصرف بأداء هذه الفريضة الشرعية بالنيابة عنهم.
كما يقوم بعضها بإخراج زكاة الودائع الاستثمارية بالنيابة عن أصحابها استنادا إلى تفويض أصحابها المصرف في دفعها أو نص النظام الأساسي للمصرف على قيامه بهذه المهمة.