وله مقامة تهجم فيها على السخاوي سماها "الكاوي في الرد على السخاوي" كما تحامل عليه أيضًا عند ترجمته في "نظم العقيان" مع أنه في عداد شيوخه وما ذنب السخاوي إليه إلا قلة صبره إزاء الدعاوى العريضة. وذكر في "النور السافر" ما كتبه السيوطي إلى السخاوي معرضًا به ومتهجمًا عليه وهو قوله:

قال السخاوي: إن تعروك مشكلة ... علمى كبحر من الأمواج ملتطم

والحافظ الديمي عيث الزمان فخذ ... "غرفا من اليم أو رشفا من الديم"

والديمي الفخر عثمان المحدث ممن كان بينه وبين السخاوي منافسة أيضًا. ويرى بعضهم أن كلًّا من الثلاثة كان فردًا في فنه مع المشاركة في غيره فالسخاوي تفرد بمعرفة علل الحديث، والديمي بأسماء الرجال، والسيوطي بحفظ المتون. اهـ. وانتصر للسخاوي على السيوطي الشاعر الأديب ابن العليف أحمد بن الحسين المكي في كتابين سماهما "الشهاب الهاوي على منشئ الكاوي" و"المنتقد اللوذعي على المجتهد المدعي".

واستقصى الداودي ذكر أسماء مؤلفاته فزادت على خمسمائة مؤلف منها: "الدر المنثور في التفسير بالمأثور" في ستة مجلدات لخص فيها كتب التفاسير بالرواية للمتقدمين بتجريدها عن الأسانيد ولم يتكلم عليها فبقي جامعا للغث والثمين وفيه من الأقوال المردودة ما لا يوصف، ومنها "الإتقان في علوم القرآن" وجُلّه من البرهان للبدر الزركشي وهذا كتاب جليل جدا إلا أن السيوطي أغفل مواطن الفائدة منها وتابعه في أوهامه الظاهرة كقوله في أسباب النزول: إن عثمان بن مظعون شرب الخمر في عهد عمر ... إلخ مع أنه ممن حرم الخمر على نفسه في الجاهلية والإسلام ومات قبل التحريم في أول الهجرة بالمدينة وهو أول من دفن فيها من المسلمين وكل ذلك في غاية الشهرة، بل الذي شرب هو قدامة بن مظعون إلى غير ذلك، سوى ما له من الأوهام فيه وغير ما حشده فيه من الأخبار من غير تمحيص مما يتمسك به خصوم الكتاب الكريم. ومنها "الجامع الكبير" الذي أراد أن يستقصى فيه السنن على حروف الهجاء من غير تقيد بالصحيح، وقد رتبه على أبواب الفقه الشيخ علي المتقي الحنفي الهندي في عدة مؤلفات أكبرها "كنز العمال" إلا أنه يتنافى في ما يقوله السيوطي في أول الكتاب مع ما يسرده نفسه فيما ألفه في الموضوعات كما وقع له مثل ذلك في "الجامع الصغير". وله أيضًا "تاريخ الخلفاء" و"طبقات النحاة" و"حسن المحاضرة".

و"طبقات الحفاظ" لخص فيها طبقات الذهبي وذيل عليها بما في هذا الذيل لكنه لم يتعب فيه بل اختصر تراجمه من الدرر الكامنة وإنباء الغمر إلا فيما قل جدًّا ولم يذكر