أولاً: الفقر الشديد وما يتبعه من جوع خصوصاً وأن كثيراً من اللاجئين قد استولى قُطَّاع الطرق على المؤن التي كانوا حملوها.
ثانياً: كثرة الوفيات بين الأطفال، نظراً لسوء التغذية.
ثالثاً: كثرة حالات الإجهاض للحوامل، لنقص التغذية أيضاً.
رابعاً: انتشار ظاهرة التسول لمن أقام في المدن وما قد يتبعه من عادات ضارة كالتدخين والمخدرات والمفاسد الأخلاقية.
خامساً: انتشار الأمراض خصوصاً الحصبة والدفتيريا والتهاب الكبد.
سادساً: تكدس بعض اللاجئين في مدارس وأماكن غير صالحة للسكن، وهي أيضاً مختلطة مما قد ينتج عنه آثار اجتماعية خطيرة.
سابعاً: معيشة كثير من اللاجئين خاصة في أفغانستان في خيام بالية ضيقة تفتقر لأدنى الحاجات الإنسانية خصوصاً مع شدة البرد في تلك المناطق.
ومن آثار المأساة أولاً: القتل والتشريد لمئات الألوف من المسلمين.
ثانيا: امتلاء السجون بالمسلمين وتردي أوضاعهم فيها، وذكرت المصادر أنه قد تم تسميم عداداً كبيراً منهم.
احتراق بعض المساجد، وقد ذكر شهود عيان: أن الشيوعيين قد أحرقوا المصاحف وبالوا عليها -والعياذ بالله - إمعاناً في الكفر وحقداً على الإسلام وأهله، وقد ذكر هذا الأستاذ قوام الدين نفسه، ثم هناك حصار اقتصادي على المسلمين مع إغلاق الحدود مع الدول المجاورة.