تحيّر الباحثون في ماذا يُراد بالحكمة المشرقية، فإن الشيخ يذكر في كتبه طائفة "المشرقيين"، حتى ظنت ظنونٌ أن الحكمة المشرقية هي عينُ حكمة الإشراق. وقد تعرض الذين ترجموا حياة الشيخ في جريدة أسماء كتبه أنه ألّف كتابًا سماه "الحكمة المشرقية"، وألّف "نقض الحكمة المشرقية" (?)، وكتابًا سماه "الإنصاف" بين المشرقيين والمغربيين، (?) كلُّ هذه من الكتب الثابتة النسبة إلى الشيخ، ذكرها تلميذه أبو عبيد الجوزجاني (?) الذي كان أشدَّ الناس ملازمةً للشيخ، ونقلها عنه مترجموه.
فأما كتاب "الحكمة المشرقية" فقالوا إنه لم يتمّه، وأما "نقض الحكمة المشرقية" فلا يُعرف، وأما كتاب "الإنصاف" فانتهبه عساكرُ السلطان مسعود (?) في اليوم التالي الذي وصل فيه السلطان إلى أصفهان في جملة ما انتهبوه من رحل الشيخ ابن سينا، فلم يوقف له على أثر بعد. (?)