أما سبب نزول الآيات فالمشهور عند العلماء أنه في العام التاسع للهجرة -عام الوفود- بعد أن فتح الله لنبينا صلى الله عليه وسلم مكة أسلمت ثقيف، وانتهت غزوة تبوك، فأتى الناس على هيئة وفود من كل شق إلى نبينا صلى الله عليه وسلم.
ومن جملة الوفود التي حضرت وفد نجران، وكانوا على الديانة المسيحية، ومنهم السيد والعاقب وهما من رءوسهم، فهؤلاء النفر لما قدموا على النبي صلى الله عليه وسلم قالوا له: ما لك تشتم صاحبنا؟ فقال: وما ذاك؟ قالوا: تقول: إن عيسى عبد الله ورسوله.
قال: نعم هو عبد الله ورسوله، فجادلته النصارى بأن عيسى لا أب له فقالوا: فقل لنا من هو أبو عيسى؟ فاستمهلهم حتى ينزل القرآن عليه في شأن عيسى، فأنزل الله جل وعلا على نبينا قوله: {إِنَّ مَثَلَ عِيسَى عِنْدَ اللَّهِ كَمَثَلِ آدَمَ خَلَقَهُ مِنْ تُرَابٍ ثُمَّ قَالَ لَهُ كُنْ فَيَكُونُ} [آل عمران:59]، فأنزل الله جل وعلا عليه هذا العلم البين ليرد به على غيره.