وفي تلك الأثناء استدعاه البطريرك اغناطيوس سابا الى انطاكية ورقاه في العشرين من سنّه الى اسقفية جوباس من اعمال ملطية ونصب رفيقه اسقفا على كنيسة عكاء وكان ذلك في 14 أيلول من شهور سنة 1246. وما أكمل السنة في تدبير تلك الاسقفية حتى امر البطريرك بنقله الى اسقفية لاقبين وهي قريبة من جوباس فأقام على تدبير شؤونها سبع سنوات. وتوفي حينئذ بطريرك اليعقوبية فوقع الشقاق بين اساقفتهم على انتخاب خلف له وانقسموا في ذلك حزبين. وتحزب ابن العبري لديونيسيوس عنجور على يوحنا ابن المعدني فنقله ديونيسيوس الى اسقفية حلب سنة 1253 الا ان الأحوال لم تمكنه من القبض على زمامها لان صليبا الذي تلقى الدروس معه في مدينة طرابلس، وكان قد اقامه يوحنا بن المعدني مفريانا [1] على المشرق، حصّل من الملك الناصر صاحب حلب عهدا سلّطه به على الاسقفية المشار إليها. فاضطر غريغوريوس ان يلزم بيت أبيه الذي قد انتقل حديثا الى حلب. ولما رأى ان لا سبيل الى الفوز برغيبته شخص الى دير برصوما بالقرب من ملطية واقام هنالك عند بطريركه سنة او سنتين. ثم قصد دمشق فحظي عند الملك الناصر ورفع مكانته واعاده الى كرسيه مكرّما وأعطاه ايضا براءة للبطريرك ديونيسيوس يسلّطه بها على المشرق كما كان سلّطه على المغرب عزّ الدين صاحب الروم.

ولما كانت سنة 1258 استولى المغول تحت قيادة هولاكو على بغداد وقتلوا الخليفة وانقرضت دولة العباسيين فعم الخراب والدمار جميع بلاد ما بين النهرين وسورية. ثم خرجوا بالجيش على حلب فسار ابن العبري الى هولاكو ليستعطفه على رعيته ولكن الجند قد توغلوا في المدينة وقتلوا من الروم واليعاقبة مقتلة كبيرة.

وفي سنة 1264 انتخبه البطريرك الجديد اغناطيوس الثالث مفريانا على جهات الشرق اي نواحي ما بين النهرين الشرقية والعراق العجمي واشور وكانت تلك الجهات قد حرمت هذا المنصب مدة ست سنوات بسبب توالي الحروب وتتابع الوقائع. وجرت حفلة إقامته على ذلك المقام في التاسع عشر من كانون الثاني في مدينة سيس مباءة الملك بقيليقية وشهد تلك الحفلة جميع اساقفة اليعاقبة وحاتم ملك الأرمن وأولاده وعظماؤه وجمهور غير يسير من الشعب مع اساقفة الأرمن وعلمائهم. وكان اوّل ما اهتم به انه سار الى هولاكو ايلخان ملك المغول فأنعم عليه بثلاث براءات واحدة له واخرى