كانت الكنيسة تحث أتباعها على القناعة والزهد والصوم والبعد عن الدنيا. في حين كان أساقفتها يملكون الإقطاعات الضخمة والأملاك الكثيرة والقصور الفارهة التي تصرف غالبها في شهواتهم وترفهم.
وزاد رجال الكنيسة ففرضوا عشورا على كل أتباعها، هذا فضلا عن الهبات والعطايا التي كانت تصلها من الأثرياء الإقطاعيين للتملق لها وضمان سكوتها. زيادة على ما كانت تجنيه من مواسمها ومهرجاناتها من أموال ضخمة.
إضافة إلى إرغام الكنيسة لأتباعها على العمل المجاني داخل أملاك الكنيسة وإقطاعاتها.
وهكذا تحولت الكنيسة بتحالفها مع قوى الإقطاع الظالمة إلى هيئة إقطاعية تحتها آلاف الهكتارات والثروات الهائلة، وأصبح هَمُّ رجال الدين الأساسي هو الثروة وتوسيع دائرة نفوذهم وتسلطهم على الشعوب.
ترجع أسباب هذا الصراع إلى عدة أمور منها:
- تعصب رجال الكنيسة الذين اعتبروا أنفسهم المصدر الوحيد للمعرفة. فتدخلوا فيما ليس من اختصاصهم كالعلوم التجريبية البحتة وعلوم الفلك ونحوها.
إدخال رجال الكنيسة للمفاهيم الدينية نظريات مغلوطة عن الكون والطبيعة مستمدة من نظريات فلسفية قديمة أو من أقوال القديسين القدامى، كنظرية بطليموس التي تجعل الأرض مركز الكون وأن باقي الأجرام تدور حولها.