وزاد رجال الكنيسة فادعوا لأنفسهم حقوقا لا يملكها إلا الله، مثل حق الغفران. فأصدروا صكوكا بذلك.
ثم أعقب ذلك محاكم التفتيش التي راح ضحيتها الملايين، والتي كانت مخصصة لكل مخالفي الكنيسة، بدأت أولا بالمسلمين الأندلسيين، ثم بباقي أتباع المسيحية المخالفين للكنيسة، ثم بالعلماء التجريبيين المخالفين لآراء الكنيسة.
وكان للكنيسة سجون تحت الأرض، بها غرف خاصة للتعذيب وآلات لتكسير العظام وسحق الجسم البشري. وكان الزبانية يبدؤون بسحق عظام الرجلين ثم عظام الصدر والرأس واليدين تدريجيا حتى يهشم الجسم كله.
في ظل هذه الأوضاع عاش الناس تحت الرعب والاضطهاد، ترتعد قلوبهم وترتجف أوصالهم عند ذكر الكنيسة.
ثانيا: الطغيان السياسي:
كان رجال الكنيسة يدعون أنهم الأحق بالسلطة السياسية، لأنها نظام إلهي يمثل الخلافة عن الله.
ولذلك كان البابوات هم الذين يتولون تنصيب الملوك وبإمكانهم خلعهم، ومن حق الكنيسة أن تعلن الحرب الصليبية.
وكان الملوك الأوروبيون يهابون البابا ويطلبون مرضاته (?).
ثالثا: الطغيان المالي: