- بعد وفاة والده توالى تربيته الشيخ حسين الغرياني هو وشقيقه محمد، فأدخلهما مدرسة القرآن الكريم بالزاوية، ثم ألحق عمر المختار بالمعهد الجغبوبي لينضم إلى طلبة العلم من أبناء الإخوان والقبائل الأخرى.

- مكث في معهد الجغبوب ثمانية أعوام ينهل من العلوم الشرعية المتنوعة كالفقه، والحديث والتفسير، ومن أشهر شيوخه الذين تتلمذ عليهم، السيد الزروالي المغربي، والسيد الجواني، والعلامة فالح الظاهري المدني وغيرهم كثير.

- كان عمر المختار شديد الحرص على أداء الصلوات في أوقاتها وكان يقرأ القرآن يومياً، فيختم المصحف الشريف كل سبعة أيام منذ أن قال له الإمام محمد المهدي السنوسي ياعمر وردك القرآن.

- إن من أسباب الثبات الذي تميز به عمر المختار حتى اللحظات الأخيرة من حياته إدمانه على تلاوة القرآن الكريم والتعبد به، وتنفيذ أحكامه، لأن القرآن الكريم مصدر تثبيت وهداية وذلك لما فيه من قصص الأنبياء مع أقوامهم، ولما فيه من ذكر مآل الصالحين، ومصير الكافرين والجاحدين وأوليائه بأساليب متعددة.

- ظهرت صفة الشجاعة في شخصية عمر المختار المتميزة في جهاده في تشاد ضد فرنسا، وفي ليبيا ضد إيطاليا وقد حفظ لنا التاريخ رسالة منه إلى الشيخ الشارف الغرياني بين له فيها أنه لايخاف طائرات العدو ولا مدافعه ولا دباباته ولا جنوده من الطليان ولايخاف حتى من السم الذي وضعوه في الآبار ووضعوه على الزروع النابتة في الأرض، كما ظهرت فيه صفة الكرم وكان يردد على ضيوفه مقولته المشهورة (إننا لانبخل بالموجود ولانأسف لمفقود).

- تفوق عمر المختار على أقرانه بصفات عدة منها، متانة الخلق ورجاحة العقل، وحب الدعوة، ووصل أمره إلى الزعيم الثاني للحركة السنوسية محمد المهدي السنوسي فقدمه على غيره واصطحبه معه في رحلته الشهيرة من الجغبوب إلى الكفرة عام 1895م.

- وفي عام 1897م أصدر محمد المهدي قراراً بتعيين عمر المختار شيخاً لزاوية القصور بالجبل الأخضر قرب المرج، وقام عمر المختار بأعباء المهمة خير قيام، فعلّم الناس أمور دينهم، وساهم في حل النزاعات بين القبائل وعمل على جمع