وظل الشيخ يعرض أقوال المهاجمين، وينفذ إليها قولا قولا، ويسفهها فكرة فكرة حتى خلب العقول، وأخذ بنواصي الألباب.

هذه بعض الجهود التي بذلها الشيخ، وتلك آثاره الجلية في إنشاء هذا المعهد الجليل وسهره على العلم فيه.

ولا بأس بالإشارة إلى ما كان بينه وبين الخديو من وثيق الصلة، وثابت الود فقد كان الخديو يجزل له الحب، ويغمره بالثقة الكريمة، ويستشيره في أخطر المسائل، ويقدر رأيه حق قدره، ويحرص على إيثاره بالإجلال والتكريم.

ومما يذكرونه في ذلك أن الشيخ اختلف مع "الشيخ محمد بخيب الطيعي"، الذي كان إذ ذاك رئيسا لمحكمة الإسكندرية الشرعية، وكان الشيخ شيخا لمعهدها اختلفا في مناسبة من المناسبات الخاصة بالتشريف الرسمية بأيهما يسبق الآخر في مصافحة الخديو، يقول الشيخ شاكر: أنا نائب شيخ الأزهر، وهو مقدم على جميع العلماء، ويقول الشيخ: بحيث أنا نائب قاضي القضاة، وقاضي القضاة يعين بأمر السلطان، ويحتدم النزاع بين الشيخين، ويعنف الخلف دفاعا عن الكرامة، ويسمع الخديو بحديثهما إذ كان قد نقل إليه، فيتقدم ويفتح الباب بيديه، ويقول: "تقدم يا شيخ شاكر".

وفي أواخر سنة 1324هـ ندب للقيام بأعباء مشيخة الأزهر نيابة عن الشيخ "عبد الرحمن الشربيني" شيخ الأزهر إذ ذاك، "فجمع بين ذلك وبين مشيخة المعهد الإسكندري، حتى كان التاسع من ربيع الآخر سنة 1327هـ، الموافق 29 من أبريل سنة 1909م، فصدر الأمر العالي بتعيينه وكيلا للجامع الأزهر، فمضى في طريق إصلاحه بفكر موفق، ورأي مسدد، وهمة لا تعرف الونى أو الفتور.

وفي عهد وكالته صدر قانون النظام في الأزهر سنة 1911م الذي قسمت بمقتضاه الدراسة إلى مراحل لكل منها نظام ومواد خاصة، وعهد إليه بتطبيق القانون الجديد، فأنشئ القسم الأولى، وعين شيخا له مع بقائه وكيلا