الحديث عن ثبت المراجع والمصادر، ونحن نتحدث عن صياغة البحث، ولا بد أن يحتوي هذا الترتيب على اسم المرجع بالكامل، واسم المؤلف، واسم المحقق إن كان الكتاب محققًا، وتاريخ الطبع ومكانه، والمحقق إذا كان قد اتبع طريقة محددة في تسجيل المراجع داخل الهامش بالبحث؛ فعليه أن يلتزم الطريقة نفسها عند الفهرسة؛ فإن كان يذكر في الهامش اسم المؤلف أولًا ثم اسم المرجع ثانيًا التزم ذلك النظام في فهرسة المراجع في آخر البحث، وإن اتبع طريقة اختصار أسماء المصادر والمراجع في الهوامش فتذكر المختصرات في الفهرسة، كثير من الباحثين والمحققين يختصر طالما ورد ذكر اسم المرجع مرة أو اثنين.
عند الفهرسة لا بد من ذكر اسم المرجع كاملًا، لا يذكره مختصرًا، وهناك فهارس للمصطلحات التي وردت في متن المخطوط بحسب مضمونه واختصاصه، كفهرسة المصطلحات الأدبية والنقدية إذا كان المخطوط في مجال الأدب والنقد، وفهرس المصطلحات البلاغية إذا كان المخطوط في مجال البلاغة، وهكذا على الباحث المحقق أن يتنبه لمثل هذا، وهذا يثري عمله في التحقيق، وترتب هذه المصطلحات ترتيبًا هجائيًّا، ويمكن للمحقق أن يتبع ذلك بتعريف موجز لكل مصطلح، يكشف عن معنى الكلمة اللغوي على الأقل.
هناك طريقتان لصنع هذه الفهارس وجمع المعلومات في كل فهرس:
الطريقة الأولى تسمى: طريقة الجُذَاذات، وهي عبارة عن جذاذات صغيرة يكتب المحقق في كل جذاذة المادة التي يريد فهرستها، يجمع المادة من حاشية المخطوط ويسجلها في هذه الجذاذات، ثم يرتبها ترتيبًا هجائيًّا على أوائل الكلمات، ثم ثوانيها، ثم ثوالثها، وهكذا، وبعدما ينتهي من تسجيل هذه المادة من الحاشية في تلك