المبدوءة بـ أبو أو ابن أو أم فيمكن إسقاط هذه الثلاثة من الاسم عند الترتيب؛ فأبو عمرو بن العلاء مثلًا يذكر في حرف العين، ابن جني يذكر في حرف الجيم، وهكذا، ويمكن أن توضع هذه الأسماء في ترتيب الهمزة شريطة أن تتبع طريقة واحدة، ويشار إليها في مقدمة الفهارس العامة، وإذا ورد العلم في النص المحقق باسمه مرة ومرة أخرى بكنيته أو لقبه فتحول أرقام كل -مِن الكنى والألقاب- عند الفهرسة إلى الاسم الظاهر، قل: انظر اسم كذا، أو العلم كذا؛ لأنه هو المعتمد في الترتيب، وأما الكنى والألقاب التي لم يرد لها اسم ترد إليه فتوضع كما هي في ترتيبها، ومثل هذا الذي أشرت إليه في فهرسة الأعلام يمكن أن يستخدمه المحقق عند ترتيب القبائل والبلدان حين فهرستها.

وقد يجد الباحث بعض الصعوبات التي تحتاج إلى إعمال فكر وهو يقوم بالفهرسة، وحينئذٍ عليه أن يجتهد، عليه أن يتحرر من إسار التقليد إن كان من هؤلاء الذين تلك صفتهم، وعليه أيضًا أن يجد حلًّا لما صادفه من صعوبات ما دام عمله يلتزم منهجًا واضحًا محددًا، وفي حدود الدقة المطلوبة في مثل هذا، فهذه الآراء التي أشرت إليها ليست قوانين مقدسة، ولكنها وجهات نظر لك أن تأخذ بها، ولك أن تتركها إذا ما كان عندك البديل الصالح لمثل هذا. أما فهرسة المراجع والمصادر؛ فهي نوعان: مصادر استمد منها المؤلف مادة علمية داخل المخطوط، أو مصادر ورد ذكرها على سبيل التنبيه، هذه تجمع وترتب على حسب الاسم الذي وردت به داخل المخطوط، مع الإشارة إلى أسماء مؤلفيها، وإن كان هناك تغيير أو تبديل في اسم المصدر يشار إليه، وترتب ترتيبًا أبجديًّا.

النوع الثاني من المراجع والمصادر وهي التي استعان بها المحقق عند التحقيق والتوثيق، وترتب هذه المراجع والمصادر بنفس الطريقة التي أشرت إليها عند