يقترن كثيرًا من هدف دراسة الفرق المخالفة للإسلام؛ حيث يركز الاستشراق على إظهار المجتمع الإسلامي بمظهر المجتمع المكون من عدة طوائف وأقليات، لها مذاهبها المختلفة، ولها عاداتها وتقاليدها المتباينة، ولها حياتها الخاصة، الأمر الذي يظهر هذا المجتمع في النهاية بأنه يتكون من عدة مجتمعات وليس من مجتمع واحد، وأن النتاج الفكري والحضاري الإسلامي لهذه المجتمعات إنما هو ليس من عمل المسلمين، ومن عمل الحضارة الإسلامية إنما هو من عمل اليهود والنصارى والمجوس والهندوس، وغيرهم من أهل الأديان والحضارات الأخرى.
وعادة ما يعمد المستشرقون إلى إظهار الطوائف والأقليات في صورة مجتمعات مضطهدة داخل المجتمع الإسلامي، بهدف تشويه صورة الإسلام خاصة في الغرب، وإظهار الإسلام في صورة الدين المتعصب المضطهد لطوائفه غير المسلمة.
ومن الآثار السلبية للدراسات الاستشراقية في بلاد المسلمين: التمكين للصهيونية في العالم العربي، فقد عمل الاستشراق اليهودي والصهيوني خصوصًا من أجل بعث القومية اليهودية، وتمكين اليهود من تكوين رؤية قومية يهودية، وتحويل اليهود من جماعة دينية إلى جماعة قومية، وربط اليهودية بالقومية فيما عُرف باسم الصهيونية.
أولًا: أن تتضح لدينا ولدى المسلمين حقائق المواجهة، فتكوين موقف إسلامي من الاستشراق وآثاره في المجتمعات الإسلامية يجب أن يتم في ضوء معرفة بعض الحقائق، منها أن الاستشراق ظاهرة فكرية قديمة باقية ومستمرة طالما أن الصراع بين الغرب والشرق باقٍ على مستوياته الدينية والسياسية والفكرية.
ثانيًا: أن الاستشراق قوة فكرية هائلة تتمتع بنفوذ كبير في الغرب، وأن الموقف الإسلامي من الاستشراق يجب أن يتحدَّد في ضوء سلبيات الاستشراق وإيجابياته،