ومن الآثار السلبية للاستشراق في بلاد المسلمين: تشويه صورة الإسلام في الغرب، فقد عمل الاستشراق على تشويه صورة الإسلام والمجتمع الإسلامي في الغرب، ويعتبر هذا الأمر من أخطر الآثار السلبية للاستشراق، فالمسلمون في بلادهم ثابتون على عقيدتهم، عاملون بها، ومطمئنون إليها؛ بينما صورة الإسلام خارج العالم الإسلامي يتم تشويهها وتقديمها في صورة مزيفة غير حقيقية بواسطة الاستشراق، وهي صورة تعطي انطباعًا سلبيًّا للإسلام كدين وحضارة في ذهن الإنسان الذي تلقى معرفته عن الإسلام من خلال المستشرقين الذين يمثلون المصدر المعرفي الأساسي للمعلومات الخاصة بالإسلام، وبالمجتمعات الإسلامية.

ولا يخفى أن أحد أهداف الاستشراق الأساسية حجب المعرفة الصحيحة عن الإسلام حتى لا يؤثر هذا الدين الكامل في أهل الغرب، وهي حرب فكرية موجهة لمنع انتشار الإسلام في العالم الغربي، والتعتيم على المثقف الغربي، وإعطائه معلومات خاطئة ومضللة عن الإسلام كما تنفر الغرب منه كدين وحضارة، ولا شك أن كلمة المستشرقين مسموعة في الغرب؛ لأنهم علماء تخصصوا في الإسلام، وأصبحوا خبراء في شئون المجتمعات الإسلامية، وما يصدرونه من أحكام وآراء عن الإسلام والمجتمع الإسلامي يتقبله المجتمع الغربي دون أن يشك في صحته. فالمستشرقون هم الحجة في تخصصهم وعادة ما يؤخذ برأيهم في كل المسائل التي تخص العالم الإسلامي، وقد اكتسبوا ثقة الإنسان الغربي بما يمثلونه من علم وخبرة نادرة يستعين بها المسئولون الغربيون في الشئون السياسية والاقتصادية والفكرية الخاصة بالبلاد الإسلامية.

ومن الآثار السلبية أيضًا للاستشراق: التركيز الاستشراقي على الطوائف والأقليات في المجتمع الإسلامي، فهم يهتمون أولًا بالفرق الإسلامية، ويهتمون ثانيًا بالطوائف والأقليات في المجتمعات الإسلامية، والهدف من هذه الدراسات