توفي الإمام محمد عبده في مساء يوم 11 يوليه سنة 1905 عن سبعة وخمسين عاما. ودفن في مقبرة العفيفي بالقاهرة ونقش على قبره ما يلي:
"هو الحي الباقي"
وقد خططنا للمعالي مضجعا ... ودفنا الدين والدنيا معا
