لا شك أن الأعمال الموسوعية تحتاج إلى نفس طويل، وصبر من حديد، وقد استغرق العمل في هذه الموسوعة حوالي خمس سنوات.
ولقد سار العمل في هذه الفترة على مراحل:
المرحلة الأولى: الجمع: لقد تتبعنا الشبهات المثارة حول الإسلام من مصادرها؛ من خلال المؤلفات والمجلات العلمية، والمراجع المعنية بهذا الأمر، ثم تتبعنا ذلك على مواقع الإنترنت.
ثم قمنا بعد ذلك بصياغتها بأسلوب فصيح مؤدب، إذ من عادة القوم السب والشتم بما لا يليق ذكره. وحاولنا جاهدين الاستقصاء في جمع كل ما تفوهوا به؛ غير أنا وجدنا بعض هذه الشبه لا تستحق الذكر فما هي إلا نوع من السباب والشتم ونحن ننزه موسوعتنا عن ذكرها، كذلك بعضهم لا يجيد قراءة العربية فقرأ النص خطأ ثم بني الشبهة عليه فلا فائدة من الرد عليه فأمره ظاهر مكشوف.
ثم قمنا بتقسيمها تقسيمًا موضوعيًّا على الأبواب ليسهل عرضها وتناولها.
المرحلة الثانية: الرد: في كل شبهة مثارة كنا نجمع فريق العمل لنتشاور في محاور الرد وبيان الوجوه المعتمدة في بيان زيف الشبهة، وكنا نجد عونًا من الله، وفتحا مبينًا للرد عليهم بمنطقهم فغايتنا بيان الحق {لِيَهْلِكَ مَنْ هَلَكَ عَنْ بَيِّنَةٍ وَيَحْيَى مَنْ حَيَّ عَنْ بَيِّنَةٍ وَإِنَّ اللَّهَ لَسَمِيعٌ عَلِيمٌ}.
فكان العمل على هذا النحو:
أولًا: تم الرد على الشبهات على صورة وجوه -في الغالب- الوجه الواحد هو رد دامغ في نفسه لكننا لم نكتف بالوجه الواحد فأردنا الاستقصاء في الرد من كل الوجوه النقلية والعقلية والعلمية.
ثانيًا: تضمن الرد -في أكثر الشبهات- وجهًا هامًّا وهو الرد على المخالفين من مصنفاتهم التي يعتمدون عليها. غالبها من كتابهم المقدس بعهديه القديم والجديد.
ثالثًا: توجد بعض الشبهات ربما ألقى بها رجل يُحسب على الإسلام إلا أنه من دعاة