هذه بعض المجالات التي جال فيها الشيخ محمد الخضر حسين وقال، سنزيدها تفصيلاً وتوضيحاً بعد أن نعرف أين نشأ؟ وأين نبت؟ وكيف تكون؟

يعود منشؤه إلى أسرة (العمري) بالزيبان، تلك الأسرة العريقة في العلم والدين والشرف، ينتمي أبناؤها إلى التصوف، كما ينتمون إلى النسب النبوي الشريف، وهو ما أعطى لشيوخها في عصرهم مكانة مرموقة بين معاصريهم، خاصة في موطنهم الأصلي مدينة "طولقة" أحد المراكز الثقافية الهامة في الناحية منذ قرون.

في أواخر القرن الثالث عشر للهجرة (منتصف القرن التاسع عشر للميلاد) رحل السيد الحسين بن علي بن عمر الشريف عن مدينة "طولقة" بأسرته صحبة صهره الشيخ مصطفى بن عزوز جد محمد الخضر للأم، ووالد العلامة الشيخ المكي بن عزوز، وذلك بعد اكتساح قوات الاستعمار الفرنسي للمنطقة متجهين إلى مدينة "نفطة" حيث استقر بهم المقام في هذه الواحة الجميلة من واحات الجنوب الغربي التونسي.

في "نفطة" كان ميلاد محمد الخضر بن الحسين يوم (26 رجب 1293 هـ الموافق ليوم 21 جويلية سنة 1873 م)، فهو جزائري قح، سواء من طريق أبيه، أو من طريق أمه.

ثم انتقلت أسرة الحسين مرة أخرى إلى تونس العاصمة، عام (1306 هـ / 1888 م) , وسن محمد الخضر حينئذ ثلاث عشرة سنة، فأتم تعليمه الابتدائي، وحفظ القرآن الكريم، والتحق بجامع الزيتونة في العام الدراسي (1307 هـ / 1889 م)، فواصل العلوم المقررة يومئذ علوماً دينية ولغوية، ولكنه تتلمذ على عدد من الشيوخ البارزين الذين كان لهم في نفسه