فسافر في هذا العام نفسه إلى الآستانة ماراً بمصر والشام، وقد دون لنا الشيخ الخضر وصفاً أدبياً واجتماعياً لهذه الرحلة نشره تباعاً في جريدة "الزهرة" (?)، وعقب عودته في 2/ 10/ 1912 (?) منع من التدريس بالمدرسة الصادقية لأسباب واهية للغاية (?)، فأدرك الشيخ أن الاستعمار والرجعية قد تحالفا ضده. وأن الأمور قد تتطور إلى ما هو أسوأ، فقرر الهجرة نهائياً إلى الشرق، فهاجر في نفس السنة (?)، وكان معة إخوته الأربعة، وبينهم أخواه العالمان: الشيخ المكي ابن الحسين (?)، وأخوه الشيخ زين العابدين الذي بقي مستقراً إلى الآن في دمشق (?).