عقيدته الإسماعيلية. دون مقاومة تذكر، احتل جوهر الصقلى، قائد الفاطميين دلتا النيل فى ربيع 358 هـ/ 969 م؛ وفى شعبان 358 هـ/ يوليو 969 م، احتل الفسطاط.

وإلى شمال شرقى الفسطاط، أسس جوهر مدينة عسكرية، سُميت بالمنصورية، ثم سمَّاها المعز بالقاهرة. وأسس جوهر جامع الأزهر، ليكون مركزًا للمذهب الإسماعيلى الشيعى، بينما ظلت الفسطاط، وجامع عمرو العتيق قلعة للمذهب السُنى.

وكان غالبية سكان مصر آنذاك لا يزالون مسيحيين ويتحدثون باللغة القبطية، واحتل الكتاب الأقباط أهم مناصب الدولة الادارية، وبخاصة فى عهد الخليفة العزيز باللَّه (365 - 386 هـ/ 975 - 996 م). وجرت محاولة من قبل الخليفة الحاكم بأمر اللَّه لإحلال كتاب مسلمين مكان الكُتاب المسيحيين ولكنها باءت بالفشل، وحاول الحاكم بأمر اللَّه إجراء تمييز لليهود والنصارى فى الملبس والمسكن والركوب، كذلك نُسب إليه هدم بعض الكنائس والأديرة المسيحية وبعض معابد اليهود.

هذا ولم يحاول الفاطميون على الإطلاق فرض مذهبهم الإسماعيلى على المصريين، لكنهم دعوا لهذا المذهب بطريقة منتظمة فى كل أقاليم الإمبراطورية. وإلى جانب كل قاضٍ كان هناك داعٍ إسماعيلى. على أن نجاح الدعوة الإسماعيلية بدا سريع الزوال، واختفى المذهب الإسماعيلى سريعًا بعد سقوط دولة الفاطميين.

وقوبل ادعاء الخليفة الفاطمى السيادة العالمية بحقيقة الوضع السياسى العالمى، إذ كانت قوة الفاطميين من الضعف بمكان لدحر خلافة بغداد العباسية، فى الوقت الذى فقدت سيطرتها على شمال أفريقيا وصقلية.

وبرغم ذلك، فإن مصر تحت حكم كل من العزيز والحاكم والظاهر (411 - 427 هـ/ 1021 - 1036 م) والمستنصر (727 - 487 هـ/ 1036 - 1094 م) لعبت دورها كقوة رئيسية هامة نجحت فى التغلب على الدولة