مستهل خلافته بالاستجابة لجميع مطالب الأمير الكبير وفى مقدمتها تلقيبه بعضد الدولة، كما وافق على الزواج من ابنة البهاء لكنها ماتت قبل أن تُزَف إليه، كذلك قنع القادر بالمال الذى حدده له ولعل أظهر ما يمتاز به عهده هو بناؤه سنة 383 هـ الجامع الكبير فى بغداد وهو الجامع المعروف بجامع باب حرب، ثم اعلانه أمام جمع من حجاج خراسان فى سنة 390 هـ أن وريثه فى عرش الخلافة إنما هو ولده الذى لقبه بالغالب.
وقد أخذ بهاء الدولة منذ سنة 390 هـ (بعد اقامته فى شيراز) معاملة العراق كولاية من ولايات الخلافة، فكان ذلك إيذانًا بتمتع الخليفة بمزيد من الحرية حيث استطاع إعادة الخطبة للعباسيين فى اليمامة والبحرين.
كذلك رفض أن يعيين فى منصب قاضى القضاة رجلا أراد الأمير الكبير أن يعينه نقيبًا للعلويين وناظرًا لديوان المظالم وأميرًا للحج، ونعنى به الشريف أبا أحمد الموسوى (394 هـ) وهكذا سدّ القادر الطريق أمام تطبيق تشريع الأمامية إذ منع علويًا من وظيفة القضاء، وكان قد سبق له أن أظهر العزم على الدفاع عن المذهب السنّى الذى يمثله هو ذاته. ولما وكانت سنة 390 هـ وجه رسالة إلى قاضى جيلان الجديد ليحث الناس على الطاعة للخليفة، ثم حدثت بعد بضع سنوات أحداث حملته على التدخل ضد الإمامية، وما نجم من شغب حول تفسير ابن مسعود للقرآن الذى عدّه أهل السنة مرفوضًا وشبت الاضطرابات فى العاصمة فأمر بتكوين جماعة من علماء السنة شجبوا هذا التفسير (وذلك فى رجب 398 هـ)، ثم أمر بقتل شيعى فى كربلاء تجرأ فلعن "من أحرقوا مصحف ابن مسعود" وحينذاك تدخل الأمير الكبير الذى رغب فى تهدئة الأمور، على أن الواقع كان يشير إلى أن هناك خطرًا جديدًا أخذ يهدد كلا من الخليفة والأمير على السواء، فقد أخذت الدعوة الفاطمية تعلن عن نفسها قوية فى أحياء بغداد الشيعية، وزاد الوضع سوءًا ما كان من