وجعله ينصر المغول على الخلافة، وتمكن بشفاعته من أن يعامل الشيعة بشئ من الرحمة فى أتون الدمار الذى أنزله المغول بالبلاد الإسلامية وأن تبقى مزاراتهم المقدسة فى جنوبى أرض الجزيرة بمنجاة من الهلاك. ومن تواليفه (56 عنوان كتاب ذكرها بروكلمان فى كتابه تاريخ الأدب العربى، جـ 1، ص 508 وما بعدها؛ وانظر أيضا Nallino فى Oriente Moderno، جـ 8، ص 43 وما بعدها) رسالتان فى العقائد يقدرهما إخوانه فى الدين حق قدرهما ولهما شروح كثيرة، وهما: "تجريد العقائد" (طهران، طبعة غير مؤرخة) و"قواعد العقائد" (طهران 1305 هـ وعليها شرح تلميذه ابن المطهر). وقد شرحت نظرية الأثنى عشرية فى الإمامة شرحًا محكمًا واضحًا كذلك بكتابه "الفصول" فى الغيبيات الذى ألفه بالفارسية (انظر النسخة العربية وعليها تعليقات، مخطوطة ببرلين، رقم 1770، الأوراق 138 ب وما بعدها). أما أقوال الطوسى فى المنطق والفلسفة فقد تفرقت فى كتاباته العقائدية التى تعد مقدمة تقليدية لكلامه عن العقائد التى استقيت فى جوهرها من روايات الشيعة، وهى تنتمى إلى مدرسة ابن سينا، فقد كتب شرحا للإشارات" والتنبيهات لابن سينا اسمة (حل مشكلات الإشارات)، (لكهنو سنة 1293 هـ)، وفيه يرد على نقد فخر الدين الرازى لابن سينا، كما كتب أيضا فى الرد على كتاب الرازى "محصل أفكار المتقدمين والمتأخرين" الشرح النقدى: "تلخيص محصل. . . " (فى ذيل كتاب المحصل، القاهرة سنة 1323 هـ). وكذلك ظل الطوسى شيعيًا عميق الإيمان بمذهب الشيعة فى كتابه فى التصوف: "أوصاف الأشراف" (طهران سنة 1320 هـ) الذى كتبه بالفارسية، كما أن صوفيته وتوقيره للحلاج يميزانه عن معظم إخوانه فى الدين. وقد كتب الطوسى فى الفقه عن أحكام الوراثة؛ وبقى من كتبه فى العلوم الخفية: "كتاب الرمل" (ميونخ، مخطوطة عربية، رقم 880). وأهدى الطوسى إلى مولاه وهو بعد فى سرتخت كتابا فى الأدب عنوانه: "أخلاق ناصرى" وما زال هذا الكتاب