يجد فى نفسه ميلا إلى شغل هذا المنصب مرة أخرى. وتوفى السيوطى فى 18 جمادى الأولى سنة 911 هـ (17 أكتوبر سنة 1505 م).
ويتميز نشاطه فى التأليف الذى بدأه فى سن السابعة عشرة، بالتنوع العجيب. وينسب له فلوكل (Flugel: Wienr. Jahrb المجلدات 98 - 60) فى الثبت البالغ الطول الذى جمع فيه مؤلفاته 561 كتابًا، على أن هذا الثبت يضم علاوة على كتبه الكبرى كثيرًا من الرسائل القصيرة. وكان السيوطى يطمح إلى استخدام مهارته فى تناول فروع المعرفة الإسلامية جميعًا، وألف من ثم عددًا من التصانيف لا غنى لنا عنها الآن، فهى تعوضنا عما فقد من الكتب القديمة كما تزودنا بمجموعات من المواد. ونجتزئ من بيان كتبه الموجودة التى ذكرت فى تاريخ الأدب العربى لبروكلمان (Gesch.صلى الله عليه وسلمrab. l-it جـ 2 ص 145) بذكر أهمها مقتصرين على ما طبع منها:
جمع السيوطى جميع الأحاديث التى تتناول تفسير القرآن فى كتابه "ترجمان القرآن فى تفسير المسند" (وهو مفقود فيما يظهر)، وقد اختصره بإيراد المصادر الأدبية بدلا من الإسناد وذلك فى مصنفه "كتاب الدّر المنثور فى التفسير المأثور" القاهرة 1314 هـ فى ستة مجلدات. وناقش السيوطى عددًا من الشواهد الغامضة فى "مفحمات الأقران فى مبهمات القرآن" بولاق 1384 هـ, القاهرة 1309، 1310 هـ وتناول أسباب نزول السور المفردة فى "لباب النقول فى أسباب النزول" الذى اعتمد فيه على كتاب الواحدى وإن كان قد زاد عليه مادة استقاها من الحديث والتفسير وعنى عناية خاصة بإيضاح مصادره (طبع بإستانبول 1290 هـ، كما طبع مرارًا على هامش أشهر شروحه). وقد بدأ هذا الكتاب شيخه المحلى جلال الدين (المتوفى سنة 864 هـ = 1459 م) وأتمه السيوطى فى أربعين يومًا سنة 870 هـ (1465 م) ومن ثم عرف بتفسير الجلالين (طبع فى بومباى 1869 م ولكهنؤ 1869 م. وكلكته 1257 هـ, ودلهى 1884 م والقاهرة 1300, 1301, 1305، 1308, 1313, 1328 هـ) وأشهر