ويعتمد الرازي في العلم الطبيعى على أفلاطون وعلى الفلاسفة الذين جاءوا قبل سقراط، ويعارض المشائين والمتكلمين. ويتصل مذهبه في الذرة الَّذي يختلف اختلافًا جوهريًا عن مذاهب المتكلمين المناظرة له بمذهب ديمقريطس من عدة وجوه، وهذه حالة شاذة في فلسفة القرون الوسطى.

ويذهب الرازي إلى أن الهيولى المطلقة كانت قبل خلق العالم مركبة من عدد لا نهاية له من الجزء الَّذي لا يتجزأ، ويمتاز الجزء بالامتداد، واذا تركبت الأجزاء بنسب مختلفة مع أجزاء الخلاء - ويقول الرازي بوجود الخلاء على عكس المشائين - تكونت العناصر، وعددها خمسة: التراب، والهواء، والماء، والنار، والعنصر السماوى [الأثير].

وتتحدد جميع كيفيات العناصر (الخفة والثقل والكثافة واللطافة إلخ) باختلاف نسبة تركيب الهيولى والخلاء. ويتجه التراب والماء، وهما من العناصر الكثيفة، نحو مركز الأرض، على حين أن الهواء والنار، وهما اللذان تغلب فيهما أجزاء الخلاء، يتجهان إلى أعلى أما العنصر السماوى؛ مزيج معتدل من الهيولى والخلاء، فإن حركته الخاصة به هي الحركة الدائرية.

وتنبعث النار من طرق الحديد بالحجر، لأن الحديد عندما يتحرك يحرك الهواء ويخلخله فيستحيل نارا.

ويميز الرازي بين المكان الكلى، أو المكان المطلق، والمكان الجزئى المضاف. فالمكان المطلق الَّذي أنكره المشاؤون امتداد محض مستقل عن الجسم الَّذي يحتويه، ذلك أن المكان يمتد خارج نهايات العالم، ومن ثم فهو لا نهائى. وثمة من الأسباب ما يحملنا على الاعتقاد بأن الرازي كان يقول بتعدد العوالم، وأن قوله بالمكان الإضافى أو الجزئى إنما يقصد به حجم أي جسم بعينه أو امتداده.

أما مذهبه في الزمان الَّذي يزعم أنَّه أفلاطونى، فإنه يميز كذلك بين الزمان المطلق والزمان المحصور. ولا ينطبق تعريف المشائين للزمان بأنه عدد الحركة (وهو قيل كل شيء حركة الأجرام السماوية) إلا على الزمان المحصور، وذلك كما جاء في كتاب