وأمر بيبرس به. عادة بناء المسجد عام 1267، وإعادة بناء المدينة عام 1268 (المقريزى ترجمة Quatremere جـ 2، ص 48، 51). ولا يمكن أن تشير هذه الرواية إلا إلى بعض التعديلات المعمارية اليسيرة التي أدخلت على الحرم (Vincent: كتابه المذكور ص 109) وأدخل السلطان قلاوون أيضا (1279 - 1290) شيئًا من الزخرفة كما طلى الأسوار في أجزاء مختلفة من الحرم، نستدل على ذلك من النقوش التي تركها في الخليل.
ويذكر لنا مجير الدين أيضا بعض المعلومات الأخرى عن أعمال التجميل والتعديلات المعمارية التي أدخلت على بناء الضريح على يد تنكز نائب الشام وأحد معاصري أبي الفداء، فقد غطى الواجهات الأربع الداخلية للمسجد بالمرمر عام 732 هـ الموافق 1331 - 1332 م (انظر Z.عز وجل.P.V.: رضي الله عنهerchem سنة 1896 , جـ 19، ص 111 وما بعدها) وأحدث السلطان برقوق أيضا تغييرات كبيرة في الحرم بإيحاء شهاب الدين أحمد اليغمورى والي بيت المقدس والخليل وحارس الضريحين. ففي عام 796 هـ (1394 م) لم يكتف برقوق بإقامة محراب جديد للمالكية في مسجد النساء بل أقام أيضًا بابًا جديدًا في الجانب الغربي للكنيسة الرومية القديمة خلف قبر إبراهيم مباشرة، كما شيد بابا آخر في السور الغربيّ للحرم فيما يعرف بحائط سليمان، وهذا الباب قريب من مقام يوسف. وقد قام السلطان الناصر حسن (1347 - 1361 م) ببناء هذا المقام علاوة على القلعة التي أقيمت في العصور الوسطى، وأصبحت فيما بعد مدرسة. ويقع مدخلها قبالة عين الطواشى. وأمر اليغمورى ببناء قبة فوق المقام شبيهة بالقباب التي فوق القبور التي في داخل الحرم. وفي عهد السلطان محمَّد الناصر (1293 - 1341 م) شيد الأمير سنجر الجاولى عام 718 - 720 هـ (1318 - 1320 م)، في الجوانب الصخرية من جبل جعابرة المسجد الذي يقوم قبالة السور الشمالى الشرقى