وتحولت "السكك الحديدية" من السلطة المركزية إلى السلطة الإقليمية. ويحكم الولايتين حاكمان يعينهما الرئيس. وقد يكون الحكام موظفين مدنيين أو ضباط جيش أو زعماء سياسيين، ولكل ولاية سكرتارية تتكون من المصالح التى تقع تحت السيطرة الإقليمية مثل التعليم والصحة العامة والزراعة. وتنقسم الولايات إلى مناطق إدارية كبيرة تسمى وحدات تحت إمرة وكلاء، وهى أربع وحدات فى الشرق و 112 وحدة فى الغرب. وتظل المنطقة الإدارية الرئيسية هى المقاطعة التى يديرها نائب الوكيل أو جابى الضرائب، ويوجد 17 مقاطعة فى الشرق و 51 مقاطعة ووكالة سياسية فى الغرب.

وقد جاء الرئيس أيوب خان ببدعه، فقد أقام جهازًا استشاريًا للتنمية الاقتصادية والاجتماعية والسياسية قاعدته الشعب. وينتخب الشعب المجالس المعروفة باسم الديمقراطيات الأساسية على مستوى القرى وأحياء المدن. وترسل هذه المجالس الاتحادية بأعضاء إلى مجالس فروع المقاطعات (أى مجلس التحصيل) وهذه بدورها تشارك فى مجالس المقاطعات وعلى المستويات الدنيا، يغلب ممثلو الشعب (أى الديمقراطيون الأساسيون) فإن إلتحام الإداريين بالأجهزة الفنية يصبح أقوى. وفوق هؤلاء "المجالس الجزئية والإقليمية" وثلث أعضائها من الديمقراطيين الأساسيين.

ولا يكتمل وصف حكومة الباكستان إلا بذكر دور القوات المسلحة فى الحكومة. وكان الجيش هو العنصر الأساسى بما يشمله من فرقة مدرعة وست فرق أو أكثر من المشاه بالرغم من أن القوات الجوية كانت حديثة وقوية. وقد حدث كثيرًا أن الجيش كان يستدعى لإعادة النظام إلى نصابه حين عجزت الإدارة المدنية عن السيطرة، كما يصبح الجيش مسئولًا عن تدبير الخلاص فى حالة الكوارث العامة مثل الأعاصير التى تجتاح باكستان الشرقية فى مواسم. كما استدعى ضباط الجيش لإدارة برنامج الديمقراطيات الأساسية، فى حين أن الجيش منح الحق فى ترشيح 10 % من المرشحين لشغل