محمد من العاملين السابقين، ثم خلفه عامل آخر أكبر هو إسكندر ميرزا). وتحت إمرة هذين الرجلين، كان يتولى الإدارة الفعلية فى الباكستان الإداريون وضباط الشرطة.

واستحدث دستور سنة 1956 عددًا من القيود على رئيس الدولة الذى أصبح وقتذاك رئيسًا معينًا. ولكن الإضطراب السياسى استمر، وفى عام 1958، أعلن الرئيس حالة الطوارئ، وألغى الدستور. وعزز خليفة إسكندر ميرزا، وهو المشير أيوب خان (أصبح بعد مشيرًا)، مركز الرئيس، وفى ظل الدستور سنة 1962 (مادة 31) تمركزت السلطة التنفيذية فى رئيس الجمهورية ومن أجل تأمين القوات المسلحة، يقضى الدستور (مادة 238) بأن يكون وزير الدفاع حاصلًا على رتبة لواء أو ما يوازيها فى البحرية أو القوات الجوية. ويختار الرئيس مجلس الوزراء دون أى قيد خارجى وقد يشارك الوزراء فى أعمال الجمعية الوطنية ولكنهم مسئولون أمام الرئيس.

وقامت الثورة العسكرية سنة 1958، فنقلت العاصمة بعد ذلك بقليل من كراتشى إلى "راولبندى" كانت توجد إحدى عشرة وزارة هى: المالية والتجارة والشئون الداخلية وكشمير والصناعة والمصادر الطبيعية والمواصلات والتعليم والإعلام والعدل وشئون البرلمان والزراعة والأشغال والصحة والعمل والرخاء الاجتماعى. وتشمل الأجهزة الهامة، الخاضعة للرئيس مباشرة، مجلس التخطيط القومى ومكتب التعمير القومى. ويطلق على الموظف الدائم الذى يرأس الجهاز "سكرتير الحكومة" وتتكون طبقة الرؤساء من سكرتيرين، وسكرتيرين مشاركين ونواب سكرتيرين وسكرتيرين مساعدين. وفى عام 1956، كان ينتمى إلى الجناح الغربى لباكستان 19 سكرتيرًا ومعهم 38 من 41 سكرتيرًا مشتركًا و 123 من 133 من نواب السكرتيرين.

وتسبب الاستياء من السيطرة المزعومة للجناح الغربى فى إثارة الخواطر دائمًا فى باكستان الشرقية التى كانت تطالب لنفسها باستقلال أوسع. وقدمت لها عدة تنازلات