لقد اعتمد ابن النديم منهج الترجمة للموضوعات والفنون وذكر الكتب، ومن خلالهما ينفذ إلى الترجمة لكل عالم في فنه وكل مؤلف في موضوعه. ويمكن عرض منهج ابن النديم في "فهرسه" على النحو التالي:
أولًا: استهدف المؤلف الدخول إلى موضوعه مباشرة دون مقدمات أو مداخل، وليس أدل على ذلك من مقدمته القصيرة التي قدم بها كتابه النفيس بقوله:
"النفوس -أطال الله بقاءك- تشرئب إلى النتائج دون المقدمات وترتاح إلى الغرض المقصود دون التطويل في العبارات، فلذلك اقتصرنا على هذه الكلمات في صدر كتابنا هذا إذا كانت دالة على ما قصدناه في تأليفه إن شاء الله، فنقول وبالله نستعين وإياه نسأل الصلاة على جميع أنبيائه، وعباده المخلصين في طاعته، ولا حول ولا قوة إلا بالله العلي العظيم.
فهذا فهرست كتب جميع الأمم من العرب والعجم، الموجود فيها بلغة العرب وقلمها في
أصناف العلوم وأخبار مصنفيها، وطبقات مؤلفيها وأنسابهم وتاريخ مواليدهم ومبلغ