لما عاد سيف الدين إلى الموصل عرض له مرض حاد، فاستدعى له من بغداد أوحد الزمان أبو البركات البغدادى (?) - صاحب المعتبر في الحكمة - فحضر عنده، ورأى شدة مرضه، فعالجه فلم ينجع له فيه دواء، فتوفى آخر جمادى الآخرة من هذه السنة [69]- أعنى سنة أربع وأربعين وخمسمائة - فكانت مدة ولايته ثلاث سنين وشهرا وعشرين يوما، وكان جميل الصورة، وكان عمره نحوا من أربع وأربعين سنة، لأن مولده كان سنة خمسمائة، ودفن بالمدرسة التي بناها بالموصل، وخلّف ولدا ذكرا ربّاه عمه نور الدين محمود، وزوّجه ابنة أخيه قطب الدين مودود بن زنكى، فتوفى ولد سيف الدين شابا، وانقرض عقبه.
كان جوادا كريما شجاعا، وهو الذى بنى المدرسة الأتابكية بالموصل، وقفها على الفريقين الحنفية والشافعية، بنى رباطا للصوفية، وكان مقصدا للشعراء، فقصده شهاب الدين الحيص بيص (?)، وامتدحه بقصيدة أولها: