وفي 3 مايو أُجريت له الطقوس الدينية· وفي هذا اليوم انضم طبيبان إلى أرنوت صلى الله عليه وسلمrnott وأنتومارشي واتفق الأربعة على إعطاء المريض عشر حبات من الكالول Calomel ( مُسهِّل):

"لقد أدّت هذه الجرعة الكبيرة بشكل غير معتاد من هذا الدواء غير المناسب إلى اضطراب عنيف مرعب مع فقد للوعي·· وظهرت كل علامات النزيف في الجهاز المعوي"·

فمات في 5 مايو 1821 وهو يتمتم قائلاً:

"على رأس الجيش صلى الله عليه وسلم la tete de L'armee "

وفي 6 مايو أنهى أنتومارشي فحص الجثة بعد الوفاة بحضور ستة عشر آخرين بمن فيهم سبعة جراحين بريطانيين، وبيرتران ومونثولو· لقد أظهر تشريح الجثة السبب الرئيسي لما كان يعاني منه نابليون: قرحة سرطانية في الفتحة بين المعدة والمعي (البيلورس Pylorus) وثمة قرحة أحدثت ثقبا بسعة ربع بوصة في جدار المعدة متسببة في نشر التعفّن فيما حولها، وكان أنتومارشي قد شخص العلّه على أنها التهاب كبدي لكن اتضح أن الكبد رغم أنه كان أكبر من المعتاد لم تكن به ظواهر مرضية·

واتضح وجود الأكياس الدهنية لا في الجلد فقط وغشاء التجويف البطني وإنما أيضا في القلب وربما كان هذا سببا في بطء نبضاته على نحو غير طبيعي· وكانت المثانة صغيرة وبها بعض الحصوات الصغيرة، وربما كان هذا بالإضافة إلى تشوّه الكلية اليسرى سببا في حاجة الإمبراطور إلى التبول تباعا وربما يفسّر هذا عدم تركيزه بشكل مستمر في أثناء معركة بورودينو رضي الله عنهorodino ومعركة واترلو· ولم يسجل أي واحد ممن فحصوا الجثة أي أثر لمرض السيفلس syphilis ( الزهري) لكن أعضاءه التناسلية كانت صغيرة وبدت ضامرة·

وفي 9 مايو انطلق موكب كبير يضم السير هدسون لو Lowe لنقل الجثمان إلى مقبرة خارج لونجوود في وادي جيرانيومز Geraniums وكان نابليون نفسه قد اختار هذا الموقع، ولُف بالعباءة التي كان يرتديها في معركة مارينجو Marengo ودُفن معه سيفه الذي كان محل فخره وشعار حياته·

وظلت جثته في هذا القبر تسعة عشر عاما حتى أحبته فرنسا ثانية فأعادت رفاته إلى بلاده·