كما تنزع مرجريت-إلى الوسائل السلمية في معالجة الهرطقة، ولكنه كان مخلصاً للكاثوليكية والملكية إلى حد تعذر معه أن يسيغ الانشقاق أو الخلاف الديني. وقد غلت أيدي الكاردينال ومرجريت بإصرار فيليب على عدم اتخاذ أي إجراء هام إلا بموافقة الملك، وكان وصول هذه الموافقة الملكية من مدريد إلى بروكسل يتطلب عدة أسابيع. وضحى الكاردينال بشعبيته في سبيل طاعة الملك. وعارض تعدد الأسقفيات سراً، ولكنه خضع لإلحاح فيليب على أن أربع أسقفيات لا تكفي لسبع عشرة مقاطعة. ولحظت الأقلية البروتستانتية في استياء وغضب أن الأساقفة الجدد ينشرون محاكم التفتيش البابوية ويتشددون في إجراءاتها. وفي مارس 1563 كتب أورلنج وأجمونت وهورن-وهم أنفسهم كاثوليك-كتبوا إلى فيليب يتهمون جرانفل بانتهاك حرمة الحقوق الإقليمية التي تعهد الملك بالإبقاء عليها واحترامها، ورأوا أن الكاردينال مسئول عن الأساقفة الجدد، وحضوا على عزله من منصبه. ولم تستسغ مرجريت نفسها استيلاء الكاردينال على السلطة، وتاقت إلى شيء من التراضي مع النبلاء الساخطين الذين كانوا ذوي أهمية لديها للمحافظة على النظام الاجتماعي، وأخيراً في سبتمبر 1563 أوصت هي كذلك بنقل جرانفل إلى مكان آخر. وبعد مقاومة طويلة خضع الملك، ودعا القسيس العظيم إلى التمتع بإجازة ينقطع فيها عن عمله. وغادر جرانفل بروكسل في مارس 1564، ولكنه ظل واحد من أعظم المستشارين الموثوق بهم لدى الملك. وعاد النبلاء إلى مجلس الدولة الخاص بمرجريت، وباع بعض موظفيهم المناصب وأحكام القضاء وأوامر العفو، ويبدو أن نائبة الملك، مرجريت، شاركت في الغنائم (9).

وانتشرت محاكم التفتيش، وكان فيليب يراقبها وهو في أسبانيا، ويشجع على استمرارها، ويبعث إلى مرجريت بأسماء الهراطقة المشتبه فيهم. وما كاد يمر يوم دون إعدام. وفي ؤ1561 أحرق جلين دي مولر في أودينارد، وأحرق توماس كولبرج في تورني، وقطع أحد أنصار تجديد العماد أرباً حتى