أحكام المساجد كثيرة منها: أنه يحرم على الجنب المكث في المسجد، وكذلك من في حكمه كالحائض، فالجنابة ليست نجاسة والحيض نجاسة فمن باب أولى أن يحرم على الحائض، فليس للجنب ولا للحائض أن يمكث في المسجد، ولكن مع الحاجة يجوز المرور فيه، قال الله سبحانه: {وَلا جُنُبًا إِلَّا عَابِرِي سَبِيلٍ} [النساء:43].
وقال النبي صلى الله عليه وسلم لـ عائشة وهي حائض: (ناوليني الخمرة من المسجد) فدل القرآن ودلت السنة على جواز العبور والمرور للحاجة، أما الجلوس والمكث فلا، فقد نهانا الله عز وجل في القرآن، ونهانا النبي صلى الله عليه وسلم في السنة، ولكنه أثبت المرور فقط للمرأة الحائض.
ولو احتلم إنسان في المسجد كأن يكون معتكفاً فيه وجب عليه الخروج منه، كما يجب عليه أن يغتسل فإن وجد مكان في المسجد للاغتسال وإلا فيلزمه أن يسارع بالاغتسال في بيته فيغتسل ويرجع إلى المسجد مرة ثانية.