1 - عدم وجود مقدمة في الكتاب، ممّا جعل هناك صعوبة في فهم منهجه.
2 - اختصاره في بعض المواضع إلى حدّ الإخلال، وتوسّعه في مواضع أخرى إلى حدّ الإطالة المملّة.
3 - أورد كثيرا من الأحاديث الضعيفة والموضوعة، ولم ينبّه عليها، خاصّة ما يتعلّق بأسباب النزول.
4 - ذكره للإسرائيليات بشكل كبير، ممّا أخرج الكتاب، في بعض الأحيان، من كونه تفسيرا إلى كتاب تاريخي، أو كتاب قصص.
5 - إقلاله من ذكر المصنّفات التي أخذ عنها، والاكتفاء بذكر اسم من ينقل عنه من المفسرين والنحويّين واللغويّين وغيرهم، وأحيانا لا يذكر حتى اسم من يأخذ عنه.
6 - عدم اهتمامه بالقراءات القرآنية.